RedToL - RedToL
RedToL , o Red Algal Tree of Life, es parte de la actividad colaborativa de National Science Foundation Assembling the Tree of Life (AToL), financiada a través de la División de Biología Ambiental , Dirección de Ciencias Biológicas . El objetivo general de AToL es resolver relaciones evolutivas para grandes grupos de organismos a lo largo de la historia de la vida, y la investigación a menudo involucra a grandes equipos que trabajan en instituciones y disciplinas. Los investigadores suelen recibir apoyo para proyectos de adquisición de datos, análisis, desarrollo de algoritmos y difusión en filogenética y filoinformática computacional .
Los enfoques filogenéticos y genómicos para la reconstrucción del árbol de la vida de algas rojas se centran en las Rhodophyta ( algas rojas ), uno de los phyla eucariotas más antiguos con evidencia fósil de Bangiales que se remonta a 1.200 millones de años. Las algas rojas no solo son miembros clave de los entornos acuáticos marinos y de agua dulce , sino que también son fuentes de alimentos humanos importantes como el dulse y el envoltorio de sushi , y tienen una multitud de usos farmacéuticos e industriales (por ejemplo, agarosa y carragenanos ). Quizás lo más importante es el papel que jugaron las algas rojas en la simbiogénesis . Un alga roja fue el antiguo donante (hace> mil millones de años) del plastidio en algas que contienen clorofila c ( heterokonta o stramenopiles) que saltó a la prominencia en los ecosistemas marinos después del final del Pérmico con grupos como las diatomeas que actualmente proporcionan aprox. 20% del carbono fijo global .
Objetivos
Los objetivos de RedToL son: 1) reconstruir una filogenia sólida de 471 especies de algas rojas utilizando un conjunto de datos concatenados de 2 marcadores genéticos codificados nucleares , 4 plástidos y 2 mitocondriales ; 2) secuenciar genomas de plastidios y generar bases de datos de transcriptomas para 16 taxones clave que representan la amplitud filogenética (p. Ej., Nivel de clase y orden) de las algas rojas, 3) hacer que los datos de genomas y múltiples genes de algas rojas estén disponibles de forma gratuita mediante la liberación a GenBank y un sitio web específico del proyecto. El programa de divulgación y tutoría para estudiantes es un componente importante de la iniciativa RedToL.
Las 471 especies elegidas de 294 géneros representan la diversidad de ca. 6.000 especies de algas rojas (es decir, se incluirá aproximadamente el 35% de todos los géneros de algas rojas, que representan todos los órdenes existentes). El sólido marco filogenético resultante de este estudio es la base para una revisión taxonómica exhaustiva de las algas rojas y proporciona la base para interpretar las innovaciones clave durante la evolución de las algas rojas . Debido a que los genes marcadores elegidos se comparten entre diferentes proyectos de Ensamblar el árbol de la vida (AToL), proporcionará un marco común para un futuro árbol eucariota integral . Los datos completos del genoma y del transcriptoma de los plastidios de los 16 principales taxones de algas rojas proporcionarán un inventario del genoma para facilitar la comprensión de la evolución de las algas rojas, así como proporcionar la base para los análisis filogenéticos utilizando un conjunto rico (es decir, cientos) de genes heredados verticalmente. Los datos del genoma probarán específicamente las relaciones entre las principales clases y órdenes de algas rojas. Los miembros del equipo de RedToL provienen de ocho instituciones, incluidos dos colaboradores extranjeros y quince miembros de la junta asesora, y representan a los especialistas en algas rojas nacionales e internacionales más destacados de diferentes generaciones que utilizan diferentes métodos (desde la taxonomía hasta la filogenómica ) para mejorar la comprensión de la biología de las algas rojas.