Instituto Suizo de Bioinformática - Swiss Institute of Bioinformatics
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| Abreviatura | HERMANO |
|---|---|
| Formación | 30 de marzo de 1998 |
| Escribe | fundación académica sin fines de lucro |
| Sede | SIB Instituto Suizo de Bioinformática Quartier Sorge Batiment Amphipole 1015 Lausanne Suiza |
Región |
Suiza |
Director ejecutivo adjunto |
Christine Durinx y Ron Appel |
| Sitio web | sib |
El Instituto Suizo de Bioinformática SIB es una fundación académica sin fines de lucro que federa las actividades de bioinformática en toda Suiza .
El instituto se estableció el 30 de marzo de 1998 y su misión es proporcionar recursos bioinformáticos básicos a la comunidad nacional e internacional de investigación en ciencias de la vida en campos como la genómica , la proteómica y la biología de sistemas , así como liderar y coordinar el campo de la bioinformática en Suiza. En particular, promueve la investigación, desarrolla bancos de datos y tecnologías informáticas, y participa en actividades docentes y de servicios.
Historia
El instituto se creó originalmente para proporcionar un marco para la financiación estable a largo plazo tanto para la base de datos Swiss-Prot como para el nodo Swiss EMBnet . Swiss-Prot, en particular, atravesó una importante crisis de financiación en 1996, que llevó a los líderes de los cinco grupos de investigación activos en bioinformática en Ginebra y Lausana , Ron Appel , Amos Bairoch , Philipp Bucher, Victor Jongeneel y Manuel Peitsch a crear SIB. Una vez creado, el instituto podría solicitar financiación en virtud de una ley suiza que permite al gobierno financiar hasta el 50% de los gastos de las infraestructuras vitales de investigación y enseñanza.
El primer director del instituto fue Victor Jongeneel, seguido de Ernest Feytmans entre 2001 y septiembre de 2007. Desde el 1 de octubre de 2007 hasta julio de 2018, el instituto estuvo dirigido por Ron Appel , uno de sus miembros fundadores. Desde julio de 2018, la SIB está dirigida por Christine Durinx y Ron Appel, como directores ejecutivos conjuntos.
Organización
El Instituto Suizo de Bioinformática SIB es una federación de grupos de investigación con bioinformáticos afiliados en 21 instituciones asociadas de SIB, incluidas las Universidades de Basilea , Berna , Friburgo , Ginebra , Lausana , Lugano y Zurich , los Institutos Federales de Tecnología en Lausana y Zurich , el Instituto Friedrich Miescher de Investigación Biomédica , Instituto de Investigación Oncológica de Bellinzona y Escuela de Administración de Empresas de Ginebra (HEG). Los grupos de investigación actuales en SIB se encuentran en Basilea , Berna , Friburgo , Ginebra , Lausana , Lugano , Zúrich , Yverdon , Wädenswil , Bellinzona y Davos .
SIB federa más de 70 grupos de investigación, servicios e infraestructura, reuniendo a más de 700 científicos en campos tan variados como proteómica , transcriptómica , genómica , biología de sistemas , bioinformática estructural , bioinformática evolutiva , modelado, imágenes, biofísica , genética de poblaciones y bioinformática clínica. La SIB organiza una reunión científica internacional anual, la [BC] 2 Basel Computational Biology Conference .
Recursos bioinformáticos
El instituto ofrece una amplia gama de recursos para la comunidad de investigación en ciencias de la vida, la mayoría abiertos y accesibles a través de Expasy , el portal de recursos bioinformáticos de SIB. Incluyen:
Bases de datos
SIB desarrolla y mantiene bases de datos de prestigio internacional, incluyendo UniProtKB / Swiss-Prot (base de datos de secuencia de proteínas curada que proporciona un alto nivel de anotación), neXtProt (plataforma de conocimiento de proteínas centrada en el ser humano), Repositorio SWISS-MODEL (modelos de estructura de proteínas tridimensionales) , STRING (redes de interacción de proteínas para Biología de Sistemas), SwissRegulon (redes reguladoras de transcripción de todo el genoma), Base de datos de promotores eucariotas ( EPD ), SWISS-2DPAGE (base de datos de gel 2D), Repositorio WORLD-2DPAGE (repositorio de gel 2D), PROSITE (proteína familias y dominios), MyHits (secuencias de proteínas y motivos), Bgee (base de datos para recuperar y comparar patrones de expresión génica entre especies animales), OpenFlu (base de datos para virus de influenza humana y animal), ViralZone (portal de entradas virales UniProtKB), GlycoSuiteDB ( base de datos de glucanos), SugarBindDB (base de datos de unión a azúcares patógenos), OrthoDB (el catálogo jerárquico de ortólogos eucariotas), miROrtho (el catálogo de genes de microARN animales), ImmunoDB (genes y familias de genes relacionados con la inmunidad de insectos) y Cellosaurus (un recurso de conocimiento sobre líneas celulares).
Herramientas de software
SIB desarrolla y suministra software para la comunidad mundial de investigación en ciencias de la vida, como SWISS-MODEL (modelado de homología de estructuras de proteínas), SwissDrugDesign (diseño de fármacos asistido por computadora), Melanie ( plataforma de análisis de gel 2D ), MSight ( imágenes y análisis de LC-MS software ), OMA (Orthology Matrix), V-pipe (canalización de genómica viral), DeepView / Swiss-PdbViewer (visualización, modelado y análisis de proteínas) y utilidades Newick (procesamiento de árboles filogenéticos de alto rendimiento).
Instalaciones principales
SIB gestiona varias instalaciones centrales de bioinformática que proporcionan apoyo informático y estadístico, así como servicios y asesoramiento a los científicos de la vida, lo que les permite llevar a cabo sus proyectos de investigación y analizar los datos resultantes. Se han creado instalaciones básicas para la investigación en genómica, transcriptómica y proteómica. SIB también mantiene el Centro de Computación de Alto Rendimiento Vital-IT que proporciona recursos computacionales, soporte de desarrollo y consultoría a la comunidad suiza de ciencias de la vida tanto en el mundo académico como en la industria. La infraestructura de Vital-IT se distribuye en tres sitios: Universidad de Lausana , EPFL y Universidad de Ginebra . Los recursos informáticos y la experiencia en bioinformática también se proporcionan en el área de Basilea con sciCORE , el Centro de Biología Computacional de Basilea.
Educación y entrenamiento
Una de las prioridades de SIB es promover y coordinar la educación en bioinformática. Los miembros de SIB participan directa o indirectamente en una serie de cursos de bioinformática en todos los niveles educativos, desde la escuela secundaria hasta los títulos universitarios y de posgrado, así como en la formación especializada para científicos de la vida. SIB también promueve una Red de formación de doctorado en bioinformática, que está abierta a estudiantes graduados en escuelas suizas de educación superior. Los objetivos de esta red son dobles:
- Ofrecer a los estudiantes de posgrado en bioinformática un conjunto de cursos de vanguardia que proporcionen los conocimientos teóricos y prácticos necesarios para trabajar en un proyecto de investigación de doctorado exitoso en bioinformática.
- Fomentar el desarrollo de una red de estudiantes de doctorado y promover el intercambio de ideas, así como la movilidad de los estudiantes entre las instituciones participantes.
Ciencia popular
El SIB también está involucrado en llevar la bioinformática al lego. Comprender la importancia creciente que tiene esta ciencia relativamente reciente en la sociedad actual se está volviendo fundamental. De hecho, en un futuro no muy lejano, los pacientes se referirán a los resultados generados directamente por métodos bioinformáticos. Desde el año 2000, con el fin de sensibilizar al público, la SIB ha participado en numerosas ferias científicas, ha creado dos revistas online, una exposición al aire libre y, en 2012, una exposición virtual.