Elemento SECIS - SECIS element
Secuencia de inserción de selenocisteína 1 | |
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Estructura secundaria prevista y conservación de la secuencia de SECIS_1. Las letras corresponden al sistema de notación IUPAC para nucleótidos.
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Identificadores | |
Símbolo | SECIS_1 |
Alt. Simbolos | SECIS |
Rfam | RF00031 |
Otros datos | |
Tipo de ARN | Cis-reg |
Dominio (s) | Eucariota |
VAMOS | 0001514 |
ENTONCES | 1001274 |
Estructuras PDB | PDBe |
En biología , el elemento SECIS (SECIS: SE leno c ysteine i nsertion s equence ) es un elemento de ARN de alrededor de 60 nucleótidos de longitud que adopta un tallo-bucle estructura. Este motivo estructural (patrón de nucleótidos) dirige a la célula a traducir los codones UGA como selenocisteínas (UGA es normalmente un codón de terminación ). Los elementos SECIS son, por tanto, un aspecto fundamental de los ARN mensajeros que codifican selenoproteínas , proteínas que incluyen uno o más residuos de selenocisteína .
En las bacterias, el elemento SECIS aparece poco después del codón UGA al que afecta. En arqueas y eucariotas , ocurre en el 3 'UTR de un ARNm y puede causar que múltiples codones UGA dentro del ARNm codifiquen selenocisteína. Un elemento SECIS arqueal, en Methanococcus , se encuentra en el 5 'UTR .
El elemento SECIS aparece definido por características de secuencia, es decir, nucleótidos particulares tienden a estar en posiciones particulares en él, y una estructura secundaria característica . La estructura secundaria es el resultado del emparejamiento de bases de nucleótidos de ARN complementarios y produce una estructura en forma de horquilla. El elemento SECIS eucariótico incluye pares de bases AG no canónicos , que son de naturaleza poco común, pero son de importancia crítica para la función correcta del elemento SECIS. Aunque los elementos SECIS eucariotas, arqueales y bacterianos comparten cada uno una estructura de horquilla general, no son alineables, por ejemplo, un esquema basado en alineación para reconocer elementos SECIS eucariotas no será capaz de reconocer elementos SECIS arqueales. Sin embargo, en Lokiarcheota , los elementos SECIS son más similares a los elementos eucariotas.
En bioinformática , se han creado varios programas informáticos que buscan elementos SECIS dentro de una secuencia del genoma , basándose en la secuencia y las características de la estructura secundaria de los elementos SECIS. Estos programas se han utilizado en la búsqueda de nuevas selenoproteínas.
Distribución de especies
El elemento SECIS se encuentra en una amplia variedad de organismos de los tres dominios de la vida (incluidos sus virus).
Referencias
enlaces externos
- Página para el elemento 1 de SECIS en Rfam
- Página para el elemento 2 de SECIS en Rfam
- Página para el elemento 3 de SECIS en Rfam
- Página para el elemento 4 de SECIS en Rfam
- Página para el elemento 5 de SECIS en Rfam