Base de PHI - PHI-base
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|---|---|
| Contenido | |
| Descripción | Base de datos de interacciones patógeno-hospedador |
| Tipos de datos capturados |
fenotipos de mutantes microbianos |
| Organismos | ~ 276 patógenos fúngicos, bacterianos y protistas de importancia agronómica y médica probados en ~ 224 huéspedes |
| Contacto | |
| Centro de Investigación | Investigación Rothamsted |
| Cita primaria | PMID 31733065 |
| Fecha de lanzamiento | Mayo de 2005 |
| Acceso | |
| Formato de datos | XML, FASTA |
| Sitio web | Base de PHI |
| Instrumentos | |
| Web | Búsqueda basada en PHI
PHIB-BLAST PHI-Canto (curación del autor) |
| Diverso | |
| Licencia | Licencia internacional Creative Commons Attribution-NoDerivatives 4.0 |
| Control de versiones | sí |
Frecuencia de publicación de datos |
6 meses |
| Versión | 4.11 (mayo de 2021) |
| Política de curación | Curación manual |
La base de datos de interacciones patógeno-hospedador ( PHI-base ) es una base de datos biológica que contiene información curada sobre genes que se ha demostrado experimentalmente que afectan el resultado de las interacciones patógeno-hospedador . La base de datos es mantenida por investigadores de Rothamsted Research , junto con colaboradores externos desde 2005. Desde abril de 2017, PHI-base es parte de ELIXIR , la infraestructura europea de ciencias de la vida para información biológica a través de su nodo ELIXIR-UK.
Fondo
La base de datos de interacciones patógeno - huésped se desarrolló para utilizar de manera eficaz el creciente número de genes verificados que median la capacidad de un organismo para causar enfermedades y / o desencadenar respuestas del huésped.
La base de datos accesible en la web cataloga la patogenicidad, la virulencia y los genes efectores verificados experimentalmente de patógenos bacterianos, fúngicos y oomicetos que infectan animales, plantas y hongos hospederos. PHI-base es el primer recurso en línea dedicado a la identificación y presentación de información sobre genes de patogenicidad de hongos y oomicetos y sus interacciones con el hospedador. Como tal, PHI-base es un recurso valioso para el descubrimiento de objetivos candidatos en patógenos fúngicos y oomicetos de importancia médica y agronómica para la intervención con productos químicos sintéticos y naturales ( fungicidas ).
Cada entrada en PHI-base está seleccionada por expertos en el dominio y está respaldada por pruebas experimentales sólidas (experimentos de alteración genética), así como referencias bibliográficas en las que se describen los experimentos. Cada gen en PHI-base se presenta con su secuencia de nucleótidos y aminoácidos deducida, así como una descripción estructurada detallada de la función de la proteína predicha durante el proceso de infección del huésped. Para facilitar la interoperabilidad de los datos, los genes se anotan utilizando vocabularios controlados ( términos de Ontología de genes , números EC , etc.) y enlaces a otras fuentes de datos externas como UniProt , EMBL y los servicios de taxonomía NCBI .
Desarrollos actuales
La versión 4.11 (5 de mayo de 2021) de PHI-base proporciona información sobre 8070 genes de 276 patógenos y 224 huéspedes y su impacto en 17060 interacciones, así como información sobre la eficacia de ~ 20 fármacos y las secuencias diana en el patógeno. PHI-base actualmente se enfoca en organismos patógenos de plantas y patógenos humanos, incluidos hongos, oomicetos y bacterias. Todo el contenido de la base de datos se puede descargar en un formato delimitado por tabulaciones. Desde 2015, el sitio web incluye una herramienta de curación de literatura en línea llamada PHI-Canto para la curación de literatura comunitaria de varias especies patógenas. Desde el lanzamiento de la versión 4, la PHI-base también se puede buscar usando la herramienta de búsqueda PHIB-BLAST, que usa el algoritmo BLAST para comparar la secuencia de un usuario con las secuencias disponibles de PHI-base. En 2016, la parte de la planta de PHI-base se utilizó para establecer una herramienta de búsqueda semántica de PHI-base ".
PHI-base está alineado con Ensembl Genomes desde 2011, Fungidb desde 2016 y Global Biotic Interactions (GloBI) (desde agosto de 2018). Todas las nuevas versiones basadas en PHI están integradas por estas bases de datos independientes. La base de PHI se ha citado en más de 350 publicaciones revisadas por pares. Los detalles de todas estas publicaciones se citan en la sección "acerca de nosotros" de la base de datos.
PHI-base es un recurso para muchas aplicaciones que incluyen:
›El descubrimiento de genes conservados en patógenos de importancia médica y agronómica, que pueden ser objetivos potenciales para la intervención química.
›Análisis comparativos del genoma
›Anotación de genomas de patógenos recién secuenciados
›Interpretación funcional de secuenciación de ARN y experimentos de microarrays
›La rápida verificación cruzada de las diferencias fenotípicas entre especies patógenas al escribir artículos para revisión por pares
El uso de la PHI se ha citado en más de 500 artículos revisados por pares publicados en revistas internacionales. Todos estos artículos se citan en la sección "Acerca de" de la base de datos.
Actualmente se admiten varias mejoras específicas a la base de PHI. El proyecto PhytoPath desarrolla un recurso bioinformático que integra datos a escala genómica de importantes especies de patógenos vegetales con los fenotipos capturados en PHI-base. Usando el navegador Ensembl Genomes, PhytoPath proporciona acceso a ensamblajes genómicos completos y modelos genéticos de cultivos prioritarios y fitopatógenos fúngicos y oomicetos modelo. Una herramienta de búsqueda avanzada de PhytoPath BioMart permite realizar búsquedas en diferentes especies de patógenos vegetales.
Fondos
PHI-base es una capacidad nacional financiada por el Consejo de Investigación de Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC), un consejo de investigación del Reino Unido.