Quimera (biología molecular) - Chimera (molecular biology)
En genética y biología molecular , una quimera es una secuencia de ADN única que se origina a partir de múltiples transcripciones o secuencias parentales. Puede ocurrir en varios contextos. Las quimeras generalmente se consideran un contaminante, ya que una quimera puede interpretarse como una secuencia novedosa, mientras que en realidad es un artefacto . Sin embargo, la formación de quimeras artificiales también puede ser una herramienta útil en biología molecular. Por ejemplo, en la ingeniería de proteínas , la "quimeragénesis (que forma quimeras entre proteínas codificadas por ADNc homólogos )" es una de las "dos técnicas principales utilizadas para manipular secuencias de ADNc".
Descripción
Quimera de la transcripción
Una quimera puede ocurrir como una sola secuencia de ADNc que se origina a partir de dos transcripciones . Por lo general, se considera un contaminante en las bases de datos de transcripción y etiqueta de secuencia expresada (que da como resultado el apodo de EST quimera ). Se estima que aproximadamente el 1% de todas las transcripciones en la base de datos Unigene del Centro Nacional de Información Biotecnológica contienen una "secuencia quimérica".
Quimera de PCR
Una quimera también puede ser un artefacto de la amplificación por PCR . Ocurre cuando se aborta la extensión de un amplicón y el producto abortado funciona como cebador en el siguiente ciclo de PCR. El producto abortado se hibrida con la plantilla incorrecta y continúa extendiéndose, sintetizando así una única secuencia procedente de dos plantillas diferentes.
Las quimeras de PCR son un tema importante a tener en cuenta durante la codificación de metabarras , donde se utilizan secuencias de ADN de muestras ambientales para determinar la biodiversidad. Una quimera es una secuencia novedosa que probablemente no coincidirá con ningún organismo conocido. Por lo tanto, podría interpretarse como una nueva especie que aumenta la diversidad.
Lectura quimérica
Una lectura quimérica es una secuencia de ADN digital (es decir, una cadena de letras en un archivo que se puede leer como una secuencia de ADN) que se origina a partir de una quimera real (es decir, una secuencia física de ADN en una muestra) o se produce debido a una mala lectura de la muestra. Se sabe que esto último ocurre con la secuenciación de geles de electroforesis .
Se han ideado algunos métodos para detectar quimeras, como:
- CHECK_CHIMERA del Proyecto de Base de Datos Ribosomal
- ChimeraSlayer en QIIME
- uchime en usearch
- removeBimeraDenovo () en dada2
- Belerofonte
Ejemplos de
- "La primera transcripción de ARNm aislada para ..." el gen humano C2orf3 "... era parte de una quimera artificial ..."
- Se pensaba que CYP2C17 era un gen humano, pero "... ahora se considera un artefacto basado en una quimera de CYP2C18 y CYP2C19".
- Los investigadores han creado quimeras de receptores en sus estudios de la oncostatina M .
Ver también
Referencias
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